看了好多答案，我确实觉得这个问题并不严谨，一个是的确有多样化，很多应用用了别的颜色，再一个国产好多应用真的就是顺手用了某种颜色，比如顺手借来的绿色。但是，顺手用的颜色总要有理由吧，所以这里面可能还有一个选择的问题。
我的答案也不是分析原因，而更像往上靠，说绿色为什么合适。其实很多所谓创新或习惯也就是当初由于某种偶然开始，此后人们形成了习惯，成了固定的用法。
不知大家看没看我引的文章，说facebook为什么用蓝色，为啥呢？蓝色到底有什么含义，还是和zuckerburg的成长经历个人价值观有啥联系？都不是，只是因为zuckerburg是红绿色盲。。。但是你看他用下来之后，好像蓝色还真的很适合这种在线社区网站，无论是fb、twitter，还是人人、知乎，甚至pandora这些在线电台，都有所谓蓝色给人的清爽、可信赖的感觉。在这个选择中，到底是web2.0选择了蓝色，还是web2.0蒙上了蓝色，讨论这个意义也不大，要讨论的是这个颜色真的存活下来成了标志色，是有合理性的。这也是我下面答案试图解释的。
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一方面，绿色被赋予了畅通的含义。我尝试着找其中的原因，但是只看到一些关于绿色是象征生命、循环、活泼、自然的含义，与畅通虽然并没有直接的联系，但是大体的方向和感觉比较相似。我猜想这也是人们最开始从绿色抽象出一系列感受，并以此为根据使用绿色，不断发展、扩大的结果。
比如这个，畅通，准许，“开绿灯”，
另一方面，从上面出发，回到手机上，我们不难看到从大哥大时代开始，红色键和绿色键就被赋予了挂断和接通两个意义，个人认为可能是来源于红绿灯的灵感，或是继续向上追溯通讯领域的传统。后来就作为使用习惯顺理成章地延续了下来，一直到后来的手机使用红绿两键，再到iphone把绿色作为通话和短信的颜色，以及安卓的拨号、通话界面。
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上面是从传统角度讲，我刚刚又在google上随便搜索了一下，看到一篇文章很有意思，讲商业营销中的颜色应用，比如其中整理了一些有名的商标及品牌：
这其中划分了这几种主流颜色的用法，绿色代表的意义比较祥和，轻松。个人认为还是和通话软件的气场相对合拍的，包括skype用的蓝色也比较合拍。相反，如果用红色的excitement和黄色的optimism，总感觉不合。而且文章还提到绿色和蓝色是消费者最喜欢的颜色，因为看上去比较舒适，容易接受。
再具体一点看这些颜色的作用：
文章还对比了红色和绿色，反差很大，到底哪种你更想get started？（经@jocy?提醒，文章中的结果其实是红色按钮得到了更高的点击率。作者在这里也是期望绿色可能会更多，可结论相反，依此来说明凡事无绝对，应先假设再求证。不过个人认为，作者也有说，大多数人还是会对这个绿色按钮有更高的期望。至于红色为何点击率高，是实证中有别的原因在影响，而非设计者的选择问题。）
不过总结来看，企业的品牌和产品选择颜色并不一定就是遵循这个规律，有很多通话通讯软件也没有用绿色，比如skype，再比如手机qq挂机的那个蓝色小图标。
所以说，绿色之所以成为首选，应该一是传统和习惯的延续，二是绿色的意象暗合了此类软件的气场，所以就比较多吧。纯属个人揣摩。
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